يضم المشروع ما يقارب 3000 عنوان تشمل أعدادًا كبيرة من الأجزاء والمجلدات لعدد من هذه الكتب وتم نوزيع الكتب بالمكتبة على عدة أقسام على النحو التالي:
أولًا: القرآن وعلومه: يضم كل ما يتعلق بالقرآن الكريم وعلومه من تفسير وعلوم التجويد والقراءات إضافة إلى الرد على كثير من الشبهات التي تطعن في القرآن الكريم.
ثانيًا: العقيدة ومقارنة الأديان.
ثالثًا: السيرة والتاريخ الإسلامي.
رابعًا: الحديث الشريف وعلومه: وتشمل كتب الحديث الشريف وعلم مصطلح الحديث وعلم الرجال والجرح والتعديل وغيرها.
خامسًا: الفقه والأصول وتاريخ التشريع.
سادسًا: المرأة والأسرة والطفل: وتضم عددًا من الكتب التي تتناول خصائص المرأة المسلمة ودورها في الإسلام ودراسات مقارنة بين المرأة في الإسلام وغيره من العقائد إضافة إلى فتاوى المرأة، كما تضم كتبًا في علم الاجتماع وفقه الأسرة وتربية الأبناء، كما تحتوي على الكثير من المؤلفات في مجال أدب الطفل.
سابعًا: الكتب النادرة والمهداة: وهي عبارة عن كتب التراث الموجودة بالجمعية منذ بداية المكتبة في نادي الإصلاح الخليفي في أربعينيات القرن الماضي، أضف إليها الكتب المهداة من أشخاص أو هيئات أو مؤسسات من داخل البحرين وخارجها.
ثامنًا: الدعوة: ويشتمل على كتب تتناول أصول الدعوة وفنونها مثل فن الخطابة والإلقاء وكل ما يعين على إعداد الدعاة والخطباء والمواد الدعوية التي يمكن تقديمها للجمهور.
تاسعًا: كتب الثقافة والفكر الإسلامي.
عاشرًا: الثقافة العامة.
الحادي عشر: الطب وعلوم تتعلق به، والطب البديل.
الثاني عشر: المجتمع الإسلامي وعلم الاجتماع.
الثالث عشر: كتب ومؤلفات الأستاذ مبارك الخاطر.
الرابع عشر: إصدارات الإصلاح: ويجمع هذا القسم كل ما أصدرته الجمعية من كتب وكتيبات ونشرات ومجلات وغيرها.
الخامس عشر: تاريخ البحرين والخليج العربي.
السادس عشر: فلسطين والقضية الفلسطينية وكل ما له علاقة بقضية القدس والمسجد الأقصى من جوانب مختلفة.
السابع عشر: دوريات ويضم المجلات والإصدارات والدوريات لمؤسسات وهيئات بحرينية وعربية واسلامية.
الثامن عشر: قسم اللغة العربية وآدابها.
التاسع عشر: قسم التربية والتعليم: ويشمل أصول التربية والمناهج التربوية وكيفية صياغة المناهج التعليمية والإدارة التعليمية والمدرسية وطرق التدريس وطرق البحث العلمي.
كما يلحق بالمكتبة متحف الإصلاح ويضم أرشيفًا كاملًا يحتوي على كل ما له علاقة بتاريخ الجمعية وتراثها من وثائق تشمل محاضر اجتماعات وتقارير ومراسلات وصور نادرة وأفلام خاصة بالجمعية والشخصيات والفعاليات البحرينية التي ساهمت في أنشطتها.
كما يطمح القائمون على المشروع إلى إعداد مكتبة إلكترونية تحتوي على طاقة تخزينية ضخمة لحفظ الكتب والبحوث والرسائل العلمية التي تضمها المكتبة في الحاضر والمستقبل ومثلها صوتيات ومرئيات.
